Desinfeksjonsprinsippet for natriumhypokloritt inkluderer hovedsakelig tre aspekter:
Underklorsyre dannes ved hydrolyse, og underklorsyre brytes ytterligere ned for å danne nytt økologisk oksygen. Den sterke oksiderende egenskapen til nytt økologisk oksygen denaturerer stoffer som proteiner på bakterier og virus, og dreper derved patogene mikroorganismer.
Hypoklorsyre kan trenge inn i bakterier (virus) og reagere med organiske polymerer som bakterielle (virale) proteiner, nukleinsyrer og enzymer, og dermed drepe patogene mikroorganismer.
Kloridionene som produseres av hypoklorsyre kan endre det osmotiske trykket til bakterier og virus betydelig, noe som får cellene deres til å miste aktivitet og dø.