I tillegg til skadelige stoffer finnes det utallige bakterier og virus i kloakk. Derfor er klordesinfeksjon mye brukt for å drepe bakterier og virus i vannet under avløpsstadiet av tappevann og kloakkrenseanlegg.
Ved behandling av industrielt sirkulerende kjølevann brukes klor også til å sterilisere og fjerne alger. I prosessen med kjølevannsirkulasjon, på grunn av fordampning av en del av vannet, konsentreres næringsstoffene i vannet, og bakterier og andre mikroorganismer vil formere seg i store mengder og lett danne slimsmuss. For mye slimsmuss vil føre til rørblokkering og korrosjon.
Klorering innebærer vanligvis å injisere klor i vann for å drepe bakterier og andre mikroorganismer, vanligvis i flaskeklor.
For å opprettholde den bakteriedrepende effekten, bør restkloret alltid holdes ved {{0}}.5 ~ 1mg/L i det utløpte vannet og ved enden av vannforsyningsnettet ved 0 0,05 ~ 0,1 mg/L.